COVID-19 : Détection des variants circulants par l’analyse du génome dans les laboratoires cliniques

Début 2021, la Conférence interministérielle (CIM) a décidé d’accorder une attention particulière à la détection et à la gestion proactives de nouveaux variants de la COVID-19. Ceci grâce à l’analyse du génome, c’est-à-dire l’analyse du matériel génétique du virus, dans les laboratoires cliniques.

En plus de la plateforme de laboratoires sentinelles, nous créons donc une plateforme d’analyse du génome. Les laboratoires sentinelles transmettent des échantillons à la plateforme d’analyse du génome qui les analyse pour identifier la présence :

- de nouveaux variants éventuellement plus contagieux
- de nouveaux variants qui rendent les gens plus malades
- de nouveaux variants contre lesquels le vaccin est moins efficace


Quels variants circulent ? S’agit-il de cas isolés ou de clusters de personnes qui vivent en collectivité? Pour suivre correctement les nouveaux variants du virus, nous prévoyons une surveillance de base et active.

Dans le cadre de la surveillance de base, les laboratoires sentinelles spécifiques transmettent un pourcentage convenu à l’avance de leurs échantillons positifs à la plateforme d’analyse du génome pour la détection des variants circulants du virus de la COVID-19.

Pour la surveillance active, tous les laboratoires cliniques peuvent transmettre les échantillons PCR positifs provenant entre autres :

  • de clusters
  • de foyers
  • de voyageurs revenus de zones à haut risque

Même les laboratoires qui ne font pas partie de la plateforme de laboratoires sentinelles peuvent transmettre des échantillons suspects à la plateforme d’analyse du génome ou au Centre National de Référence (CRN) pour la COVID-19 qui analysent ces échantillons.

Les laboratoires sentinelles : la première étape de l’analyse du génome

Les laboratoires de la plateforme des laboratoires sentinelles transmettent déjà, de façon volontaire et sans rémunération, minimum 5 % d’échantillons positifs dans le cadre de la surveillance de base. Le but est d’augmenter ce pourcentage à 10% pour avoir un meilleur échantillonnage et augmenter les chances de détecter rapidement les nouveaux variants.
Pour garantir que cet échantillonnage aléatoire d’au moins 5 à 10% soit représentatif, le choix de ces laboratoires sentinelles tient compte :

  • de leur répartition géographique
  • des transports existants entre laboratoires
  • de la représentativité de la population
  • de leurs volumes d’analyses diagnostiques de routine

L’analyse du génome des variants de la COVID-19 dans les laboratoires cliniques

Les virus ont une excellente capacité d'adaptation en modifiant de petits morceaux de leur matériel génétique. Cela leur permet :

  • de devenir plus contagieux
  • de rendre le patient plus malade
  • d'échapper partiellement à l'immunité développée par les personnes vaccinées.

Il est donc crucial de surveiller méticuleusement toutes ces petites modifications du matériel génétique sur un échantillonnage de tous les échantillons prélevés, par exemple sur un échantillon sur dix. Les laboratoires qui font partie de la plateforme d'analyse du génome analyseront le matériel génétique du virus sur un certain nombre d'échantillons positifs. Ces modifications du génome seront enregistrées et suivies dans une base de données.

Participer à la détection de variants via la plateforme d'analyse du génome

Pour permettre aux laboratoires intéressés de participer à la détection de variants via la plateforme d'analyse génomique, nous avons lancé un appel à candidature. Ces candidatures ont été analysées en 2 étapes :

  • D’abord évaluer si le laboratoire candidat répondait aux critères prédéterminés dans les  conditions de participation.
  • Ensuite comparer les besoins de capacité de séquençage par province et l'offre de capacité génomique des laboratoires répondant aux critères.

Lorsque l'offre de capacité de testing par province s’avérait excédentaire par rapport aux besoins, nous avons donc donné la priorité aux laboratoires ayant le plus d'expérience dans la technique NGS, l’équipe avec le plus d'expertise et la plus grande capacité de séquençage déjà existante.

Après avoir analysé les candidatures, le Comité de l’Assurance de l’INAMI a choisi les laboratoires avec lesquels signer une convention et qui intègrent la plateforme d’analyse du génome (réunion du 29.03.2021). Cette convention démarre de façon rétroactive à partir du 22 février 2021 et s’étend jusqu'au 31 décembre 2022.

Voici la composition de la plateforme d'analyse du génome.

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Dernière mise à jour 08 avril 2021